עם זאת מתחילתה נמצאו בדגניה חברים, במיוחד זוגות נשואים, שהסתייגו מן השיתוף הכולל בקבוצה וחפשו דרך להקים כפר שיתופי המשלב משק משפחתי – אינדיבידואלי עם יסודות שיתופיים אמיצים. על רקע זה עזבו את דגניה מספר חברים, ויחד עם חברים מקיבוצים אחרים הקימו בשנת 1921 את שני מושבי העובדים הראשונים: נהלל וכפר יחזקאל. בין מקימי נהלל היו מראשוני דגניה: דבורה ושמואל דיין, סוניה וישראל בלוך, יוסף אלקין ואברהם גרינשפון.
משפחת דיין עברו בתחילה מדגניה להקים את דגניה ב’ ומדגניה ב’ עברו והיו ממקימי נהלל.
בעקבות דגניה הוקמו קיבוצים נוספים בעמק הירדן. מדי הקמת קיבוץ חדש בעמק היו אדמות דגניה ואדמות הקיבוצים הוותיקים מחולקות מחדש. תרומתה המיוחדת של דגניה להתיישבות העובדת היתה בהיותה כור היתוך לעיצובן של קבוצות הכשרה רבות מן הגולה וגם מארץ ישראל. אותן קבוצות, לאחר הכשרה בדגניה הקימו קיבוצים רבים בכל אזורי הארץ. וכך קרה שאם בראשית הדרך עיבדה דגניה את כל 3,000 הדונמים שנרכשו ממזרח לירדן, עם התרחבות ההתיישבות בעמק נותרה דגניה עם משבצת קרקע בגודל של כ-1,500 דונם, מעט מאוד בהשוואה לכל קנה מידה ארצי.
כ- 13 שנים לאחר פטירתו של א.ד. גורדון בשנת 1937 הוחלט על ידי חברי דגניה להקים בית לזכרו, בית ללימוד ולעיון במדעי הטבע והחקלאות, וכך בשנת 1941 נפתחבית גורדון.
